Objectifs de la plateforme EMOLGINE :
La plateforme EMOLGINE se veut un environnement communautaire adapté à la recherche de molécules thérapeutiques à l’aide de différentes fonctionnalités de haut niveau regroupées en différents modules.
Entrée du ligand TAK-925 (ref)dans le site du récepteur de l’orexine OX2. Cette animation a été réalisée à grâce aux résultats de pathDock, outil développé par Pascal KREZEL et permettant de trouver un ou des chemins entre une conformation de score minimale à l’extérieur de la cavité et une conformation de score minimale à l’intérieur de la cavité.
La figure ci-contre montre le résultat d’une requête réalisée avec EmolSearch. Cet outil permet de lancer une requête associée à une question précise de biologie et d’obtenir rapidement des solutions basées sur les connaissances stockées dans la base Neo4j d’Emolgine.
1) Permettre une recherche avancée de molécules thérapeutiques potentielles
(en cours de développement)
EMOLGINE contiendra prochainement plus d’un milliard de molécules ayant une affinité pour un ou plusieurs sites (cibles biologiques). Un dispositif d’interrogation innovant permettra aux utilisateurs de travailler sur ces données de façon la plus simple possible afin de trouver les molécules les mieux adaptées.
Génération de molécules dans un nouveau site
( en projet)
Pour un site quelconque au sein d’une protéine, il sera possible de lancer un job permettant d’ obtenir des propositions de molécules compatibles avec celui-ci.
Génération de molécules à partir d’une molécule au sein d’une protéine
( en projet)
Lors du développement d’un médicament, après l’obtention de premiers résultats expérimentaux, une étape d’optimisation commence. EMOLGINE proposera à l’utilisateur de télécharger la molécule étudiée dans son site et de générer des propositions d’agrandissement à partir de certains atomes. Ces informations resteront confidentielles par défaut à condition de prendre une licence.
2) Etre une plateforme favorisant les collaborations entre biologistes et chimistes
(en cours de développement)
EMOLGINE combinera à la fois les aspects d’un réseau social de professionnels du développement de molécules thérapeutiques et ceux d’un outil de haut niveau pour une recherche optimisée. Par exemple, tous les outils de docking seront disponibles et des tests pourront être faits par les utilisateurs. Les plus performants seront mis en avant.
3) Etre un environnement de travail sécurisé
(en cours de développement)
Un “workplace” dédié à la gestion des informations récoltées sera proposé. Ses informations seront stockées sous la forme d’une base Neo4j personnalisée. L’utilisateur y trouvera un environnement idéal pour gérer et partager ses résultats expérimentaux avec ses collaborateurs et la communauté EMOLGINE ainsi qu’un outil idéal pour réaliser la présentation de ses données.