Génération de molécules spécifiques à un site

Soit deux sites A et B très similaires. Il est possible de générer des molécules qui se fixent sur A et non sur B en jouant sur les différences géométriques ou chimiques entre ces sites. La figure ci-dessous présente le principe s’appuyant sur une différence géométrique. Pour cela, il faut trouver les fragments qui se trouvent à l’endroit où il y a la différence entre les site (en jaune dans le site A) et les utiliser comme point de départ pour générer des molécules. Ensuite, il faut docker les molécules trouvées. Celles qui ne peuvent pas se stabiliser autrement dans le site B sont les molécules recherchées.

Inversement si on veut trouver des molécules qui se fixent dans B et non dans A, ce sera plus difficile dans la configuration ci-dessus car le clash stérique ne sera pas toujours assez suffisant pour déstabiliser dans A les molécules générées dans B.