Vocabulaire

pdb : fichier issu de la PDB (Protein Data Bank) décrivant une pose cristallographique.

Fingerprint (d’une molécule): Suite de valeurs binaires indiquant par la présence ou l’absence de certaines sous-structures au sein d’une molécule.

Similarité entre molécules: Vaut 1 moins la distance entre 2 molécules pouvant être évaluée par exemple à l’aide de la distance de Tanimoto entre leur fingerprint.

shash: chaîne de caractère caractérisant un cluster de molécules. Il indique le nombre des différents types d’atome contenus dans chacune des molécules du cluster.

Cluster_mol_site : cluster de molécules associé à un shash générées au sein d’un site d’une protéine contenue dans un pdb

Cluster_mol_exp: cluster défini de la même façon que pour les cluster_mol_site pour des molécules ayant une activité biologique sur une protéine.

Docking : Pour savoir si une molécule peut avoir de l’affinité pour un site, il existe des outils dits de docking qui permettent d’explorer les conformations possibles de cette molécule au sein de ce site à l’aide d’algorithmes appropriés comme les algorithmes génétiques.

Cavité : (ou poche) zone d’une protéine permettant l’accrochage d’une molécule. Elle peut être en surface ou en profondeur.

Sous cavité : Terme utilisé pour décomposer une cavité en sous-parties qui se superposent. Pour cela, le vide au sein de la cavité est décomposé en sphères dites moyennes obtenues à partir de sphères de Delaunay ayant des centres proches les uns des autres.

Site : Zone définie autour d’une cavité.

HBA	hydrogen bond acceptor
HBD	hydrogen bond donor
sascore	Score de synthétisabilité calculé suivant DOI: 10.1186/1758-2946-1-8.
LogD	log of partition of a chemical compound between the lipid and aqueous phases;
LogP	partition coefficient of a molecule between an aqueous and lipophilic phases
LogS	water solubility
nRot	rotatable bonds
MW	molecular weight