Description des prochaines étapes de développement

Version 0.5-3 : A faire dans la prochaine version

Intégration des ligands qui définissent les sites
Le ligand qui définit le site se trouve dans le même répertoire que le fichier site.pdb et se nomme ligand.pdb. “Il suffit” d’aller le lire comme on le fait pour les fichiers protein.pdb et site.pdb.

Couplage avec des données expérimentales
Le couplage avec les données expérimentales ne nécessite pas de modifier la base mais simplement de faire :
1) la recherche des molécules actives associées à la cible (dans la Chembl par exemple)
2) en déduire les noms des clusters
3) afficher les clusters contenant des molécules avec les molécules actives

Présentation des molécules disponibles
Un des site les plus avancés pour rechercher des molécules est le site Ukrainien Enamine mais, il y a également Greenpharma à Orléans. L’idée est simplement de leur envoyer une liste de smiles et de traiter leur réponse.

Permettre le téléchargement des protéines + molécules
Un utilisateur voudrait obtenir les fichiers des protéines et des molécules sélectionnées pour diverses raisons (ex: échanger avec le développeur de SMINA pour lui montrer les cas qui semblent problématiques). Il faudrait donc ajouter un bouton “download ffiles” permettant de recevoir ces fichiers.

Ajouter l’activité dans la relation IS_ACTIV

Permettre différentes méthodes de similarité.

Version 0.6 : développement de fonctionnalités avancées

Modification du modèle des données avec l’ajout d’information de type gène associé à la protéine. Prise en compte au niveau de l’interface de l’ensemble de ces paramètres pour permettre l’élaboration de filtre.

Historisation des extractions et possibilité de remontées dans cette historique

Workspace : développement d’un environnement personnel dans lequel l’utilisateur doit pouvoir entreposer les molécules qu’il a sélectionnées et de compléter les informations sur ces éléments.