Les clusters de molécules regroupent des molécules ayant le même vecteur (Vn_atom) quand on applique la méthode suivante:

L = []
for sub in ["[C;D2]","[C;D3]", "[c;D2]", "[c;D3]","[N]", "[n]", "[O;H1]", "[O;D1]"]:
    L.append(int(len(fuse_LT(mol.GetSubstructMatches(get_mol_from_smart(sub))))/2))
return L

On compte le nombre de chacun de ces atomes et prend leur partie entière de leur division par 2.

On considère que deux clusters sont similaires si la distance de Manhattan entre leur vecteur Vn_atom est égale à 1.