Une molécule peut potentiellement avoir des conformations favorables au sein d’une cavité d’une protéine, mais peut-elle vraiment y accéder ? Pour répondre à cette question, pathDock recherche un chemin entre un minimum à l’extérieur de la cavité et un minimum à l’intérieur en utilisant l’ensemble des résultats de docking.

Principe

pathDock utilise le logiciel SMINA de façon appropriée pour générer les conformations que pourraient prendre un ligand pour passer d’un minimum à l’extérieur de la cavité vers un minimum dans la cavité.