Introduction

pathDock est un outil basé sur SMINA, logiciel de docking, qui permet d’avoir des informations sur la façon dont une molécule entre dans une cavité entre une conformation minimale dans celle-ci et une autre localement minimale à l’extérieur de cette cavité.

Les résultats suivants ont été obtenus avec les paramètres suivants de pathDock :

• le msd maximum entre 2 conformations à 2.15 A pour rechercher les chemins,
• la différence de scores maximale lorsque le score augmente à 0.25,
• le rmsd pour la clusterisation des conformations à 0.5A,
• le taux minimal de nouvelles conformations lors des redocking à 0.80,
• le nombre de docking maximum par étape : 4
• le nombre de conformations générées utilisées dans le docking:10
• la différence maximale de score pour les solutions de docking: 2.75 (paramètre SMINA)

Ces paramètres ont été définis à l’aide du test 1 sur les récepteurs de l’orexine.

Entrée du Vemurafenib dans 3OG7

A priori, la molécule n’est pas guidée par une descente progressive du score.