La sérodoline (molécule ci-contre) a été developpée à Orléans (France) au sein du CMB dans l’équipe de Séverine Morissez-Lopez. Elle se fixe au récepteur 5HT2a de la sérotonine et possède des propriétés thérapeutique permettant de soulager la douleur.
pathDock a été utilisé pour avoir une idée de la façon dont cette molécule se lie au récepteur 5HT2a.
Les résultats suivants ont été obtenus en fixant :
- le msd maximal entre 2 conformations à 2.5A pour la génération des chemins,
- la différence de scores maximale (lorsque le score augmente) à 0.25,
- le rmsd pour la clusterisation des conformations à 0.5A,.
Avec le pdb 6wha
Le résultat ci-dessous montre que la sérodoline n’a passe pas par par des conformations activées pour entrer dans la cavité.
La sérodoline prend une conformation finale cohérente avec le ligand du pdb.
