Présentation d’Emolgine 0.5-1

La version Emolgine 0.5-1 permet de commencer à réfléchir aux prochaines étapes de son développement.

Emolgine 0.5-1 permet de répondre aux questions suivantes:

• Montre-moi des molécules ayant de l’affinité pour un site biologique d’une protéine dont le nom de gène commence par A, B, C
• Regroupe-moi les molécules par similarité.
• Montre-moi des molécules ayant de l’affinité pour au moins 5 sites différents.
• Montre-moi un réseau de sites avec des molécules ayant de l’affinité pour au moins 3 de ces sites

Les molécules peuvent être sélectionnées en fonction de différents paramètres.

Prochaines étapes:

Version 0.5 – 21/08/2024

Plusieurs avancées dans cette version.
Filtre sur les propriétés des molécules clogP, nHA, nHD, nRot, sascore, TPSA et alert pour moduler les affichages dans D3.JS.
Menu contextuel dans D3.js permettant de naviguer dans les données et de visualiser les propriétés des molécules sélectionnées.
Visualisations graphiques sous forme d’histogramme des grandeurs pour connaitre la répartition des molécules selon les grandeurs observées.
Visualisation en 2d avec JSXGraph pour travailler sur un lot de molécules.
Visualisation en 3d avec JSMOL et possibilité de cumuler des molécules pour comparaison.
La gestion des annotations personnelles ou communautaires associées aux molécules. Constitution d’une table dédiée pour ce stockage emolgine_annotations.
La gestion de la soumission des requêtes remontées au niveau de PHP et plus au niveau de JS pour des raisons de sécurité. Contrôle et conditionnement des requètes soumises sous NEO4J. Blocage des requêtes de type CREATE, DELETE, CALL et DROP (non autorisées)..
Le stockage systématique des requêtes exécutées dans une table MYSQL nommée emolgine_requetes doit permettre à terme de mettre en place un dashboard de suivi des performances, permettre également le partage entre utilisateurs et le développement d’un assistant.

Génération de peptides compatibles avec un site

Génération de peptides compatibles avec un site

emolgine permet de générer des ligands non peptidiques et des peptides.

Pour le moment, la décompostion des peptides de la PDB en acides aminés n’a pas été faite masi il faudra le faire.