Remerciement à David Koes
David Koes est la personne qui a développé SMINA, logiciel de docking grâce auquel le projet emolgine a pu voir le jour. Je tiens à le remercie chaleureusement d’avoir mis son code à disposition.
Projet ICOA beta-D-xylosidase
Recherche dans Ambinter de molécules ayant de l’affinité pour le site de la beta-D-xylopyranose dans b-D-xylosidase. (Version 1.0)
Fait le 13 /02/2025 par Pascal KREZEL
Introduction
Etape_1: Génération de molécules après repositionnement de fragments
Etape_2: Recherche de molécules similaires dans Ambinter
Etape_3: Analyse de molécules de la Chembl
Introduction
L’équipe du Dr Pierre Lafitte (ICOA, Orléans, France) travaille sur la beta-D-xylosidase. Les références de cette protéine sont les suivantes:
-UniProt: B5YB78,
-Chembl: ‘CHEMBL4658’, ‘CHEMBL4728’
Les 2 poses cristallographiques présentent dans la PDB (Protein Data bank) sont issues du travail de son équipe. Les images suivantes sont issues du pdb 6YYI.
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La minimisation de ce ligand donne le résultat suivant:
-0.68 comme valeur d’efficiency est une valeur très faible, indiquant que la molécule se positionne très bien.
Etape_1:Génération de molécules après repositionnement de fragments
La génération de molécules à partir de 10 000 fragments en utilisant les 1 000 meilleurs comme point de départ pour le growing a permis d’obtenir 159 528 molécules différentes avec une valeur de minimizedAffinity (score de SMINA) inférieure à -6 et une efficiency (minimizedAffinity divisé par le nombre d’atomes) inférieure à -0.25. Ce qui donne le graphique suivant:
On constate qu’il est possible d’obtenir des solutions avec des valeurs très faibles (< -16) comme les suivantes:
Toutes ces molécules possèdent le fragment avec 4 cycles non aromatiques.
Etape_2: Comparaison avec Ambinter
La comparaison de ces molécules générées avec la base Ambinter de Greenpharma a permis de trouver 13 728 molécules similaires qui après docking donnent le graphique suivant:
Quelques exemples de molécules avec un mimizedAffinity < -9.5:
Quelques images dans le site:
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Etape_3:Comparaison avec les molécules de la Chembl.
Il existe 29 molécules différentes dans la Chembl qui ont été testées sur la Beta-xylosidas, le docking de ces dernières donne le résultat suivant:
 CHEMBL372907 | Seule molécule qui possèdent une efficiency proche de celle de la beta-D-xylopyranose. Son activité n’a pas pu être mesurée. |
 CHEMBL190256‘minimizedAffinity’: ‘-8.12533’ ‘efficiency’: ‘-0.45’ ‘clogp’: ‘-2.16’ | Seule molécule ayant un pouvoir d’inhibition. |
 CHEMBL191983 ‘minimizedAffinity’: ‘-8.53777’ ‘efficiency’: ‘-0.45’ ‘clogp’: ‘-0.19’ | Molécules très similaire à la précédente mais qui n’a pas de pouvoir d’inhibition. |